研究表明，蝙蝠是多种冠状病毒的贮存宿主和初始传染源。还有一些动物为冠状病毒的中间宿主和传染源。

中华菊头蝠是SARS病毒的贮存宿主和初始传染源，果子狸和蛇为其中间宿主和传染源；埃及墓蝠、加纳的夜凹蝙蝠和欧洲的伏翼蝙蝠等是MERS病毒的贮存宿主和初始传染源。

单峰骆驼为其中间宿主和传染源；新型冠状病毒的贮存宿主和中间宿主还未确定，但越来越多的科学证据提示，该病毒起源于蝙蝠，中间宿主可能是蛇、豺和穿山甲等动物。

在贮存宿主和中间宿主偶然将冠状病毒传播给人类后，冠状病毒感染的人群成了传染源，武汉华南海鲜批发市场为新型冠状病毒肺炎的最早疫源地。在冠状病毒感染的疫情流行期间，患者是主要传染源。

SARS研究显示，患者是SARS病毒最主要传染源。有极少数患者在刚出现症状时即具有传染性。在一般情况下传染性随病程发展而逐渐增强。患者在发病的第2周最具传播力。

通常症状明显的患者传染性较强，特别是持续高热、频繁咳嗽、出现急性呼吸窘迫综合征的患者。患者退热后传染性迅速下降。医学界尚未发现潜伏期患者以及治愈出院者传染他人的证据。

新型冠状病毒传染源目前所见主要是新型冠状病毒感染的患者。无症状感染者也可能成为传染源。其轻症患者比例较高，作为传染源的传播风险更大。